工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪（zuì）團夥時（shí）不幸被團夥成員發現，擊暈後（hòu）喂了（le）神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士（shì）為他度身打造不少間諜武器（qì）。為了（le）防止犯罪團夥對（duì）他進（jìn）行報複，新（xīn）一決（jué）定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到（dào）解藥。一日，新（xīn）一的（de）女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下（xià）編造了自己名叫（jiào）江戶川柯南，隨後柯南（nán）寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落。柯南在小學認識步美等小學生，他們一